Certyfikat kwalifikowany zawsze wydawany jest na osobę fizyczną, a podpis elektroniczny weryfikowany za pomocą tego certyfikatu jest zawsze traktowany jak podpis własnoręczny tej osoby.

W zależności od informacji umieszczonych w certyfikacie rozróżniamy:

Certyfikat kwalifikowany zawierający jedynie dane osobowe jest certyfikatem uniwersalnym i może być stosowany we wszystkich kontaktach z administracją publiczną, wszelkimi instytucjami (w tym z ZUS) oraz w relacjach biznesowych. Osoba posiadająca taki certyfikat i składająca podpis elektroniczny może działać zarówno we własnym imieniu, jak i w imieniu reprezentowanego podmiotu bez konieczności wpisania informacji o tym podmiocie do certyfikatu.

Istnieje także możliwość umieszczenia w certyfikacie kwalifikowanym dodatkowych informacji, takich jak dane reprezentowanego podmiotu. Jest to uzasadnione gdy zakres uprawnień danej osoby fizycznej wynika np. z przepisów prawa (prezydent miasta, burmistrz, wójt). Wówczas mamy do czynienia z certyfikatem kwalifkowanym  zawierającym dodatkowe dane.